根據《施工合同范本》通用條款第13.2.2條的規(guī)定，竣工驗收過程中若驗收不合格的，監(jiān)理人應按照驗收意見發(fā)出指示，要求承包人對不合格工程返工、修復或采取其他補救措施，由此增加的費用和（或）延誤的工期由承包人承擔。承包人在完成不合格工程的返工、修復或采取其他補救措施后，應重新提交竣工驗收申請報告，并按本項約定的程序重新進行驗收。
因此，在竣工驗收不合格時，承包方存在負擔額外整改費用的風險，同時由于工程建設項目的整改項目往往會比較細碎且項目較多，因此也會耗費較長的時間導致工期的延長，若在驗收時未留有足夠的整改時間，可能會因超出合同約定的竣工移交時間節(jié)點而可能產生工期延誤的違約金支出，且與此同時，工程項目在驗收不合格后若承包方未及時配合整改，一味的拖延導致工程因原有的質量問題產生其他的風險時，該風險也應由怠于配合整改的承包方承擔，且發(fā)包方在工期延誤該時間段中的其他因項目遲延移交產生的損失也可以一并向承包方進行索賠。
另外，與驗收資料提供缺失以及未提交驗收申請一樣的，若承包人在驗收階段驗收不合格且仍然不配合整改，導致工程一直未能通過驗收的，根據工程建設合同常見的階段性付款的相關約定，承包方會因未能達到部分款項的付款條件難以向發(fā)包方主張相應款項的支付，即使提起訴訟，法院也不會予以支持。
最后，不配合整改在性質上相較于不提供驗收資料等而言更為惡劣，承包方在明知工程項目存在質量問題，無法通過驗收的情況下仍然拖延對工程項目的整改，因其自身的原因導致工程遲遲不能竣工移交，從一定程度上還可能因為工期上的延誤導致雙方資金鏈出現問題，嚴重的甚至可能導致項目爛尾的情況。針對該等情況，政府部門可能會因工程中涉及違反政府采購、工程監(jiān)理、安全生產管理等規(guī)定的行為，對承包方進行行政上的處罰，也會影響監(jiān)督部門對企業(yè)的評價和信用記錄。更為嚴重的，如工程項目中存在偷工減料、以次充好、欺詐等行為，達到刑法所規(guī)定的相關罪名的立案標準的，承包方及相關負責人甚至可能會受到相應的刑事處罰。
